A Estação Iauareté começou a ser construída em outubro de 2001 pelo sistema indígena de trabalho coletivo (wayuri), sendo inaugurada em outubro do ano seguinte. O local, geologicamente privilegiado, foi selecionado pelos assessores do ISA após viagens específicas para esse fim, realizadas no ano de 2000.

Após a escolha do local de construção, foi realizado um levantamento topográfico planialtimétrico, no qual os técnicos puderam se basear para a projeção da planta, adotando-se critérios com o objetivo de possibilitar a obtenção de água por gravidade ao laboratório e aos viveiros. A água é armazenada em volume suficiente numa represa e a partir desta é canalizada às demais instalações (laboratório, viveiros escavados e viveiro de mudas) em sistema de recirculação: toda água que passa pelo laboratório, após abastecer o pavilhão de incubação e os tanques de reprodução e alevinagem intensiva, é reaproveitada para o abastecimento dos viveiros escavados externos.

Ainda existem muitas possibilidades em relação ao aumento da área alagada da estação, já que o local, topograficamente dos mais adequados, possui ainda várias outras nascentes e igarapés em situação privilegiada. O terreno é cortado pelo Igarapé Querari, cuja vazão ultrapassa 100 litros por segundo durante as épocas mais secas.

Quase um ano antes de ser oficialmente inaugurada, a Estação Iauareté já funcionava, realizando as primeiras experiências com reprodução artificial do Aracu-quatro-pintas, espécie de grande importância econômica e cultural para os índios da região. Assim como as espécies inicialmente produzidas no Alto Tiquié, esse peixe ainda não havia sido reproduzido em cativeiro. Essa primeira reprodução, apesar de ter rendido um número de alevinos insuficiente para a distribuição dos diversos viveiros familiares já existentes em Iauareté, serviu para treinar os técnicos indígenas nas práticas de manejo e para a animar o povo em relação aos resultados que poderiam ser alcançados futuramente após a inauguração oficial do parque.

Atualmente, a infra-estrutura da estação conta com as seguintes unidades: laboratório de reprodução com pavilhão de incubação, três viveiros escavados de 80 m², dois viveiros-barragens de 150 m², uma represa de 700m², depósito, cozinha e casa de caseiro. No final desse ano está prevista a construção de um viveiro-barragem maior (cerca de 5.000 m²) o qual, além de aumentar significativamente a disponibilidade de água por gravidade, favorecendo a escavação de novos viveiros, possibilitará a produção de muitos peixes para o abate que poderão ser vendidos no local, incrementando de modo significativo a sustentabilidade econômica do projeto.