A alimentação dos peixes é um fator extremamente importante em um projeto de piscicultura. Muitos piscicultores caseiros pensam que piscicultura é só construir um viveiro para criação de peixes e não fazem muito esforço para alimentá-los, fazendo com que cresçam muito pouco. Porém, como os peixes são criados em uma área pequena demais para encontrarem comida suficiente, assim como todos os animais criados em cativeiro, o piscicultor é quem deve arcar a responsabilidade de fornecer-lhes alimentação.

É neste ponto onde entra a atuação do Manejo Agroflorestal: para que os peixes cresçam, é preciso procurar plantas ou animais que possuam bastante proteína e cultivá-los ou criá-los de modo a garantir sua alimentação durante todo o ano. Na natureza, durante as enchentes, quando o rio transborda, os peixes do Rio Negro entram no igapó, onde encontram frutas e insetos, que formam a base de sua alimentação - os meses de “verão”, quando o rio está baixo, correspondem aos meses de jejum. Já para os peixes dos viveiros, a melhor produção atingida é com a ração comercial - num experimento com o Aracu riscado realizado em 2001 na Estação Caruru (Alto Tiquié), onde ela foi utilizada, a produtividade estimada ficou em cerca de 3.000 kg por ha/ano, ou seja, 300 g/m². Isto equivale, num viveiro de tamanho médio de 240 m², a uma produção anual de mais ou menos 70 kg por ano.

Porém, com exceção de Iauareté, onde o preço do pescado é alto e o piscicultor ainda pode lucrar comprando sacos de ração para usar como alimento, o insumo, assim como o seu transporte, fica caro para os piscicultores indígenas. Assim, nas regiões do Rio Negro fora de centros urbanos como São Gabriel e Iauareté, a alimentação dos peixes deve ser encontrada ou cultivada no local. Uma experiência em São Tomé (Alto Tiquié), também realizada em 2001, mostrou que os peixes podem crescer sem o uso de ração comercial: num viveiro desta comunidade, a produtividade estimada ficou em volta de 2.225 kg/ha/ano (223 g/m²), utilizando-se alimentação variada - restos de cozinha, frutas, minhocas, cupim, etc - e adubação com esterco de cabra e ovelha. Para um viveiro de 240 m² – média de tamanho dos viveiros familiares no alto Tiquié -, isso responde por uma produção em volta de 50 kg por ano.

Para descobrir quais eram as melhores espécies de plantas para serem cultivadas para alimentar os peixes, foram feitas entrevistas com pescadores e análises de valor nutricional em laboratório (Laboratório de Engenharia Química da UFPa). Uma pesquisa realizada em 1999, no alto Tiquié, apontou 40 espécies com potencial para a piscicultura, também chamadas plantas ictioforrageiras, que poderiam interessar ao projeto. Destas, em sua maioria árvores frutíferas do igapó, uma boa parte foi selecionada para ser trabalhada e plantada em um conjunto denominado sistema agroflorestal (os sistemas agroflorestais são, em outras palavras, pomares para os peixes).

Os critérios para a seleção dos melhores tipos de plantas para alimentar os peixes são uma produção estável e regular de frutas com alto valor nutritivo, especialmente aquelas com alto teor protéico, e que possam ser cultivadas dentro de um conjunto que seja capaz de produzi-las maduras em diferentes estações e meses, garantindo, assim, um complemento alimentar para os peixes durante todo o ano. Estas plantas também devem produzir poucos anos depois de plantadas.

Veja algumas das plantas principais